Содержание

Копрограмма

Как правильно подготовиться к исследованию:

  • При подготовке к анализу должен соблюдаться пищевой режим (диета) с дозированным количеством белков, углеводов, жиров в течение 3-4 дней (3-4 дефекации). Этому требованию отвечают диеты Певзнера и Шмидта.  Диета Шмидта — щадящая, включает 1-1,5 л молока, 2-3 яйца всмятку, 125 г слабо прожаренного рубленого мяса, 200-250 г картофельного пюре, слизистый отвар (40 г овсяной крупы), 100 г белого хлеба или сухарей, 50 г масла, общая калорийность 2250 ккал. Диета Певзнера основана на принципе максимальной пищевой нагрузки для здорового человека. Она является обычным пищевым рационом здоровых людей. В ее состав входит 400 г белого и черного хлеба, 250 г мяса жареного куском, 100 г масла, 40 г сахара, гречневая и рисовая каши, жареный картофель, салат, квашенная капуста, компот из сухих фруктов и свежие яблоки. Калорийность достигает 3250 ккал. Эти диеты позволяет выявить даже небольшую степень нарушения переваривающей и эвакуаторной способности желудочно-кишечной системы.

  • Взятие проб недопустимо во время или в тече­ние трех дней после менструального периода, или если пациент страдает от видимого геморроидального кровотечения.

  • Алкоголь и нестероидные противовоспалительные пре­параты (аспирин, диклофенак, найз и др.), принятые в избытке, могут стать причиной раздражения и изъязвле­ния слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта, что приведет к возникновению скрытого кровотечения. Необходимо прервать прием этих веществ, по ­крайней мере, за 48 часов до тестирования.

  • Исключить прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел, ограничить прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонны, пилокарпина и др.).

  • Исследование проводить до выполнения ректороманоскопии и других диагностических манипуляций в области кишечника и желудка. Если проводилось рентгенологическое исследование кишечника или желудка, то анализ сдается не раньше, чем через два дня.

  • Сбор фекалий осуществить так, чтобы они не попали в воду.  Желательно собрать в чистое, сухое судно, либо закрыть унитаз пленкой так, чтобы кал оказался на пленке.

  • Моча не  должна попасть в кал (предварительно помочится в унитаз)!

  • Сбор кала для анализа проводят шпателем в пластиковый стерильный контейнер. Заполнять контейнер надо примерно на 30% (для анализа требуется не более 1 чайной ложки кала). Кал собирают в специально предназначенную чистую, сухую посуду, не пропускающую влагу.

  • Материал для анализа необходимо доставить в лабораторию в день сбора. Кал рекомендуется сдавать «свежим». Однако если вы по каким-то причинам не успеваете отнести кал в лабораторию, вы можете хранить кал в плотно закрытом контейнере не более 8-ми часов в холодильнике при температуре +3ºС — +8ºС.

  • Для получения правильных результатов копрограммы, важно соблюсти все правила сбора кала.

  • Доставить контейнер в процедурный кабинет ООО «Меддиагностика» согласно времени приёма биоматериала соответствующего процедурного кабинета.
  • Помните, что получение достоверных результатов предполагает правильный сбор материала для анализа.

    Дополнительную информацию по исследованиям вы можете получить по телефонам: 77-01-22, 24-10-55.

    Проявления запора у беременных — признаки и симптомы

    Количество просмотров: 48 214

    Дата последнего обновления: 27.03.2022 г.

    Среднее время прочтения:

    4 минуты

    Запоры являются распространенной проблемой при беременности. Около 75 % женщин жалуются на проблемы с опорожнением кишечника во время вынашивания малыша. При этом данные затруднения остаются примерно у трети женщин после родов.

    Содержание:

    Подробное описание симптомов
    К чему может привести запор у беременной женщины

    Наш организм постоянно вырабатывает вещества, которые стимулируют сокращения кишечника. При беременности значительно снижается восприимчивость мускулатуры кишечника к различного рода раздражителям. Изменение интенсивности реакций кишечника связано с тем, что он имеет общую иннервацию* с маткой, из-за этого любая чрезмерная активизация перистальтики способна провоцировать сократительную деятельность матки. Это может стать угрозой для ребенка. К сожалению, у данной защитной реакции есть неприятные последствия — запоры. Зачастую они возникают в период от 17 до 36 недели беременности.

    Клинически запор у беременных проявляется несколькими основными симптомами:

    • задержка стула более 3 дней и проблема с отхождением газов, метеоризм;
    • неприятное чувство неполного опорожнения кишечника;
    • необходимость натуживания во время дефекации;
    • болезненный стул;
    • «овечий кал» (твердый, сухой, фрагментированный кал).

    В случае запора Вам всегда стоит обратиться за консультацией к врачу, особенно если Вы отмечаете ухудшение состояния и болевые ощущения.

    Наверх к содержанию

    Подробное описание симптомов

    При запорах характерно снижение частоты стула. Случается, что беременной женщине удается опорожнить кишечник только 1 раз в неделю или реже. Изменяется консистенция кала, возникают дискомфорт и боли в животе (зачастую в его левой половине), отмечается чувство неудовлетворенности после стула.

    Атоническим запорам свойственна очень болезненная дефекация, которая происходит с большим трудом. Из-за микроскопических надрывов слизистой оболочки заднего прохода возможно появление на поверхности кала прожилок крови. Спастические запоры отличаются фрагментированным стулом («овечьим калом»). Этому состоянию часто сопутствуют метеоризм, чувство давления, расширения, спастические боли в животе. При длительных запорах может возникнуть чувство вялости, усталости, значительное снижение работоспособности.

    Болевые ощущения у беременной женщины возникают без видимой причины или могут стать следствием волнения или физической нагрузки. Приступы острой боли или обострение постоянных неприятных ощущений, как правило, связаны с отрицательными эмоциями. Боль может быть различной силы, например, в некоторых случаях она отдает в поясницу, ногу, задний проход и даже половые органы. У некоторых беременных женщин вместе с болью в животе появляется жжение в прямой кишке и зуд в области заднепроходного отверстия. Нередко отмечаются тошнота, горечь во рту; отхождение газов затруднено.

    Наверх к содержанию

    К чему может привести запор у беременной женщины

    Каловые массы в прямой кишке, избавиться от которых у беременной женщины не получается долгое время, приносят ей значительный дискомфорт. Однако это не единственные последствия запора.

    • Слизистой толстой кишки свойственна всасывающая способность, при запоре в кровь всасывается не только вода, но и различные токсичные продукты обмена. Интоксикация женщины и плода может привести к негативным последствиям и нарушить развитие ребенка в будущем.
    • Из-за переполнения плотными каловыми массами прямая кишка давит на матку, что приводит к ее раздражению. Несмотря на то, что чувствительность матки во время беременности снижена, существует определенный риск повышения маточного тонуса и, как следствие, преждевременных родов.
    • При запорах кишечник давит на матку и сосуды малого таза, что нарушает отток крови из них. По этой причине может возникнуть геморрой, который проявляется возникновением крови в кале.

    Запор у беременной женщины – серьезная проблема. Чтобы ее решить, обратитесь к Вашему лечащему врачу.

    *Иннервация – снабжение органов и тканей нервными волокнами, что обеспечивает их связь с центральной нервной системой (ЦНС).

    Наверх к содержанию

    Информация в данной статье носит справочный характер и не заменяет профессиональной консультации врача. Для постановки диагноза и назначения лечения обратитесь к квалифицированному специалисту.

    Онлайн консультация врача-колопроктолога — страница 5

    Добрый день! Полтора года назад у меня была операция по удалению матки и яичников, был полип с атипической гиперплазией, после гистологии не подтвердилась атипическая гиперплазия, сказали все хорошо, но после операции начались проблемы с походом в туалет по большому, и мочевой пузырь стал гиперактивный, много пить воды не могу и кислого есть, воспаляется мочевой сразу, ходила к гинекологу, УЗИ мочевого делала, все хорошо сказали, пила валерьянку, успокоила мочевой, потом появился наружный геморрой, потом острый был, потом пролечилась вроде прошло, а в этом году у меня с мая началось жжение и боль в заднем проходе, после запора, потом я форлакс принимала для послабления стула, и стул стал частый, как поешь сразу тянет в туалет и от частого хождения все ещё сильнее разболелось, 1 июня я была у нашего проктолога и он сказал, что это трещина, назначил лечение масляные микроклизмы перед походом в туалет и свечи постеризан 2 раза в день, пищевые волокна, но на фоне клизм масляных и пищевых волокон опять постоянно начало тянуть в туалет как поешь, бурление в животе и рана щипать сильнее чувствительнее стала, я все бросила, ела морковку кабачки гречку, лёгкую пищу, вроде бы сильная боль утихомирилась, но до конца не проходит, я уже на нервной почве и диете 5 кг веса скинула за месяц, не знаю что есть, подташнивает, я записалась на приём на 7 июля в вашу клинику к Деринову А. А., но хотела узнать какие ещё можно свечи попробовать, чтобы устранить боль после туалета, я устала терпеть, но чтоб свечи не вызывали походы в туалет частые. Сейчас утром я в туалет сама хожу утром легче, потом до вечера после еды сдерживаю позывы, но все равно вечером иногда все таки иду в туалет, приходится тужиться посильнее чем утром почему то хотя кал не твёрдый и потом боль начинается, как то сходила один раз за день, сразу боли меньше становятся. Не знаю от чего это зависит, ем почти одно и тоже. Да ещё заметила что кисло молочное тоже раздражение вызывает, поэтому пью молоко с тыквой мешаю.

    Доказательства изменения состава микробиоты, связанной со слизистой оболочкой, и фекальной микробиоты у пациентов с синдромом раздраженного кишечника

    Рисунок 2

    Фекальные бактериальные профили пациентов с СРК и здоровых людей. Фекальный бактериальный состав…

    фигура 2

    Фекальные бактериальные профили пациентов с СРК и здоровых людей. Бактериальный состав фекалий пациентов с СРК (n = 16, темно-серые квадраты) и здоровых людей (n = 19, светло-серые кружки).( a ) Анализ главных компонентов (PCA) СРК и здоровых. ( b ) Анализ бета-разнообразия у СРК и здоровых. ( c ) OPLS-DA, показывающий разделение между СРК и здоровым, соответственно, и бактериальный состав фекалий. Многофакторный анализ проводили с фекальными бактериями в качестве Х-переменных и СРК и здоровыми, соответственно, в качестве Y-переменных. ( d ) Загрузочная колонка OPLS-DA фекальных бактерий, которые в наибольшей степени способствовали разделению между СРК и здоровыми.( e ) Диаграмма рассеяния баллов из OPLS-DA, показывающая разделение между преобладанием диареи (СРК-Д, n = 6; желтый большой кружок), преобладанием запоров (СРК-З, n = 2, зеленый маленький кружок) и подтипы nonCnonD-IBS (n = 8, темно-красный квадрат) соответственно и бактериальный состав фекалий. Многомерный анализ проводили с фекальными бактериями в качестве X-переменных и подтипами СРК, соответственно, в качестве Y-переменных.

    ( f ) График рассеяния нагрузки OPLS-DA для фекальных бактерий, которые в наибольшей степени способствовали разделению между подтипами СРК. (g ) Диаграмма рассеяния баллов из OPLS-DA, показывающая разделение между пациентами с СРК с тревогой (n = 6; темно-зеленые квадраты) и без тревоги (n = 10, светло-зеленые кружки), соответственно, и фекальными бактериальными сочинение. Многофакторный анализ был проведен с фекальными бактериями в качестве X-переменных и пациентами с СРК с тревогой и без нее, соответственно, в качестве Y-переменных. (
    h
    ) График рассеяния нагрузки OPLS-DA для фекальных бактерий, которые в наибольшей степени способствовали разделению между пациентами с СРК с тревогой и без нее.* = Достоверная разница между группами по критерию Крускала-Уоллиса или критерию Манна-Уитни. U. = Неклассифицированный.

    Фекальная и связанная со слизистой оболочкой кишечная микробиота у пациентов с синдромом раздраженного кишечника с преобладанием диареи

    Задний план: Синдром раздраженного кишечника (СРК) связан с изменениями микробиоты кишечника. Лишь в нескольких исследованиях изучались различия в микробиоте, связанной со слизистой оболочкой, между пациентами с СРК и здоровыми людьми из контрольной группы (HC).

    Цели: Охарактеризовать и сравнить микробиоту в образцах слизистой оболочки и кала тщательно отобранных пациентов с СРК-Д и ГХ.

    Методы: Когорта состояла из 23 пациентов с СРК с преобладанием диареи (СРК-Д) и 24 пациентов с HC. Свежие образцы стула были собраны у участников перед сбором образцов слизистой оболочки толстой кишки из неподготовленного кишечника.После выделения ДНК гены 16S рРНК были секвенированы методом пиросеквенирования 454 и проанализированы с использованием конвейера QIIME.

    Результаты: Было обнаружено, что фекальная микробиота (люминальная ниша) пациентов с СРК-Д имеет меньшее кишечное богатство по сравнению с HC (P <0,05), тогда как в микробиоте слизистой оболочки между двумя группами не наблюдалось различий. Было обнаружено, что в люминальной нише относительные доли рода Faecalibacterium ниже при СРК-Д, чем при HC, а рода Dorea выше при СРК-Д.Ни один из пропорций таксонов не был существенно различен у пациентов с СРК-Д по сравнению с HC с использованием FDR ≤ 0,1 при анализе образцов, которые появлялись в> 25% образцов любой ниши.

    Заключение: Микробиота фекалий и слизистых оболочек у пациентов с СРК-Д и ГХ очень сходна и недостаточна для объяснения наблюдаемых изменений физиологии и симптоматики СРК-Д. В будущих исследованиях следует изучить функциональную активность, зависящую от кишечного микробиома, в дополнение к микробному составу, связанному с фекалиями и слизистой оболочкой.

    Ключевые слова: диарея; фекальная микробиота; Синдром раздраженного кишечника; микробиом; Слизистая микробиота.

    Доказательства изменения состава фекальной и слизистой оболочек у пациентов с синдромом раздраженного кишечника

    Исследуемая популяция и образцы материала , Швеция.Критерии исключения включали микроскопический колит, глютеновую болезнь, пищевую аллергию или любое другое желудочно-кишечное заболевание, объясняющее симптомы. Другие критерии исключения включали аномальные результаты стандартных скрининговых лабораторных тестов, тяжелые психические, системные или другие хронические заболевания, злоупотребление наркотиками или алкоголем в анамнезе и неспособность достоверно ответить на вопросники на шведском языке. Основываясь на зарегистрированных дефекациях в недельном дневнике стула, пациенты с СРК были подтипированы на СРК с преобладанием диареи (СРК-Д), СРК с преобладанием запоров (СРК-З), в то время как пациенты с СРК со смешанным жидким и твердым стулом (СРК-Д). M) и те, у кого был СРК без субтипа (СРК-Н), были сгруппированы вместе (преобладание без запоров и диареи, без CnonD)

    36 . Были включены здоровые субъекты без желудочно-кишечных (ЖК) симптомов (оценивались в течение семи дней до включения с помощью опросника для скрининга желудочно-кишечных симптомов), психических, желудочно-кишечных, сердечных или метаболических заболеваний. Больные СРК и здоровые лица были европеоидной национальности. Информированное согласие было получено от всех участников перед проведением любых процедур, связанных с исследованием. Мы зафиксировали использование определенных диет и лекарств у всех субъектов исследования (дополнительная таблица 1).

    У всех субъектов исследования биопсии были взяты из второй части двенадцатиперстной и сигмовидной кишки (25–35 см проксимальнее ануса) одним и тем же гастроэнтерологом (ИА) с использованием стандартных биопсийных щипцов без предварительной подготовки кишечника.После сбора все образцы были обработаны одним исследователем (JS), биопсии были немедленно заморожены в жидком азоте и сохранены при -80°C до дальнейшего анализа или помещены в 0,9% раствор NaCl и переданы в течение 2 часов в микробиологию для посева. Дуоденальный сок аспирировали перед взятием биопсии у участников там, где это было возможно, то есть там, где присутствовала кишечная жидкость, которую можно было аспирировать через биопсийный канал эндоскопа, собрать в стерильную пластиковую пробирку, не содержащую ДНК/РНК, и перенести в течение 2 часов. к микробиологии для культуры.Образцы кала собирали пациенты дома, немедленно замораживали при температуре -20 °C и доставляли замороженными в лабораторию, где они хранились в замороженном виде при температуре -80 °C до проведения анализа. Исследование было одобрено Региональным советом по этике в Гётеборге, и все участники дали информированное согласие до начала каких-либо процедур, связанных с исследованием. Все эксперименты проводились в соответствии с соответствующими руководящими принципами и правилами.

    Бактериальные культуры

    Культуры аэробных и анаэробных бактерий готовили на чашках с кровяным агаром с 4% дефибринированной лошадиной кровью в аэробной и анаэробной атмосфере N 2 и 10% СО 2 при 37 °С. Селективное культивирование грамотрицательных штаммов проводили на агаре Дригальского в аэробных условиях. Дрожжевые грибы культивировали на агаре Сабуро. Минимальное время инкубации составило 48 часов. Идентификацию микроорганизмов проводили на основе характеристик колоний, окрашивания по Граму, биохимических и хроматографических тестов и Мальди-тофа (Vitek-MS, Biomerieux). Количественную оценку проводили путем подсчета количества колониеобразующих единиц (КОЕ/мл). Подтвержденный культурой СИБР определялся как >10 5 КОЕ/мл кишечных бактерий в соответствии с действующим золотым стандартом 15 .

    Дыхательные тесты на глюкозу и лактулозу

    Дыхательные тесты проводились не менее чем через день после диеты с низким содержанием клетчатки, после ночного голодания, короткого периода отдыха утром и после тщательной чистки зубов. Кроме того, испытуемый был проинструктирован не употреблять никаких слабительных, наполнителей или секвестрантов желчных кислот за день до теста. Если первое базовое значение превышало 15 частей на миллион (ppm) для метана или водорода, субъект выполнял полоскание рта водопроводной водой до того, как было получено следующее базовое значение.Если испытуемый неоднократно демонстрировал высокие исходные значения, субъекту переносили обследование на другой день после еще более строгих инструкций по подготовке к тесту, см. выше, и после 24-часовой диеты без клетчатки. Субъекты с высокими исходными значениями были перенесены максимум на три визита. После регистрации двух исходных значений испытуемые принимали внутрь 45 г глюкозы (Apoteket Produktion & Laboratorier, Швеция) в 300 мл водопроводной воды или лактулозу в форме сиропа (15 мл раствора сиропа с концентрацией 670 мг/мл) (Laktulos Meda, Meda AB). , Сольна, Швеция) соответственно.Содержание водорода и метана в выдыхаемом воздухе измеряли каждые 15 минут в течение следующих 120 (глюкоза) или 180 (лактулоза) минут. Выдыхаемый воздух собирали в систему с двумя мешками (Quintron, Милуоки, Висконсин, США) с клапаном и мундштуком. Затем выдыхаемый воздух анализировали с помощью газоанализатора выдыхаемого воздуха (BreathTracker, Digital microlyzer; Quintron, Милуоки, Висконсин, США).

    Определения SIBO, основанные на дыхательном тесте, основывались либо на водороде, либо на метане соответственно. Критерии были разделены на: (1) уровни натощак (сокращенные критерии натощак H 2 или CH 4  ≥ 15 ppm 37,38 ; (2) повышение H 2 или CH 4 выше исходный уровень в пределах 90 мин (сокращенные критерии повышения ≥20 ppm) 4,28,39 ; (3) для дыхательного теста с лактулозой появление двойных пиков (два отчетливых пика или характерная картина двойного пика >20 ppm при двух последовательных показаниях 40 .Критерии SIBO, основанные на уровне дыхания натощак, оценивались на основе среднего значения исходных значений субъекта.

    Оценка состава микробиоты в образцах фекалий и слизистых оболочек

    ДНК экстрагировали, как описано ранее 41 , из фекалий (n = 35), биоптатов двенадцатиперстной кишки (n = 28), биоптатов сигмовидной кишки (n = 35). Короче говоря, одноэтапная процедура ПЦР, амплификация проводилась с помощью корректирующей полимеразы высокой точности в общей сложности 25 циклов (образцы фекалий) или 33 цикла (биопсия).Для амплификации библиотек секвенирования, прямой праймер 5′-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT-N8-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC-3 ‘и обратный праймер 5’AATGATACGGCGACCACCGAGATC-N8-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG-3’, где N8 представляет собой идентифицирующую 8-мер и последние 21 и 19 баз в каждая конструкция представляет собой последовательности, специфичные для прямого и обратного праймеров, соответственно. Затем образцы объединяли до эквимолярных количеств и секвенировали параллельно целым бактериальным геномам на приборе MiSeq (Illumina Inc, Сан-Диего, Калифорния, США).Все контроли из фазы экстракции, а также отрицательный контроль ПЦР были отправлены на ПЦР и, следовательно, секвенированы с соответствующими образцами. Фильтрация и обрезка качества необработанных считываний, кластеризация операционных таксономических единиц (OTU) и таксономическое назначение выполнялись, как описано ранее 41 . α-разнообразие оценивали по индексу Шеннона и количеству OTU после разрежения в 1099 последовательностях с использованием веганского пакета R. Бета-разнообразие (разнообразие между образцами) определяли по индексу Брея-Кертиса.Были использованы образцы, количество прочтений которых превышает 10000 для образцов кала, 500 для биопсии двенадцатиперстной кишки и 15000 для биопсии толстой кишки (дополнительная таблица 2). Чтобы гарантировать, что небольшое количество прочтений не повлияет на результаты для двенадцатиперстной кишки, все анализы были дополнительно выполнены только с образцами, превышающими 1000 прочтений, что дало одинаковые результаты во всех анализах.

    Анкеты

    Субъекты заполнили HADS и СРК-SSS для оценки тяжести СРК и психологических симптомов; для получения дополнительной информации см. Дополнительный материал.

    Анализ профиля экспрессии антибактериального гена

    Human Antibacterial Response RT² Profiler ПЦР-массивы (Cat No.ID PAHS-148Z, Qiagen) проводили, как описано ранее 12 , на биоптатах двенадцатиперстной и толстой кишки. Дополнительные сведения см. в дополнительных материалах.

    Обработка данных и статистический анализ

    Одномерный анализ

    Одномерный анализ выполняли в GraphPad Prism 6 (GraphPad Software, La Jolla, CA), Манна-Уитни использовали для оценки различий между двумя группами, а Краскела-Уоллиса с последующим тестом Данна , был реализован для различий между тремя группами.Для оценки различий между наклонами кривых продукции водорода и метана с течением времени у больных СРК и здоровых добровольцев был проведен линейный регрессионный анализ данных дыхательного теста. Если нет других указаний, результаты представлены в виде медианы ± (25–75% процентиля). Групповые различия по бета-разнообразию определяли с помощью PERMANOVA. Корреляции между бактериями и антибактериальными факторами анализировали с помощью непараметрических корреляций Спирмена.

    Многомерный анализ

    Анализ главных компонентов (PCA) был выполнен в R (версия 1.0,153) в пакете ropls, чтобы изучить потенциальные различия в глобальных профилях бактериальных и антибактериальных факторов распознавания групп. Анализ кластерной корреляционной матрицы проводился по данным экспрессии генов с использованием пакета corrplot в R, расчеты выполнялись с коэффициентом ранговой корреляции Спирмена.

    Многомерный факторный ортогональный частичный дискриминантный анализ методом наименьших квадратов (OPLS-DA) был проведен для определения наиболее дискриминирующих X-переменных и для различения здоровых субъектов и пациентов с СРК, а также пациентов с СРК, сгруппированных по подтипам и субъектам с положительным/отрицательным результатом на SIBO по данным дыхательных тестов с глюкозой или лактулозой с использованием программного обеспечения SIMCA (версия 14.1.3.0, авторское право © MKS Data Analytics Solutions) на основе бактериального состава (переменные X). Параметр R 2 представляет степень соответствия OPLS-DA, при этом наилучшее возможное соответствие составляет R 2  =  1. При рассмотрении гетерогенных биологических переменных считается, что модель хорошо соответствует R 2  ≥ 0,5. Параметр Q 2 представляет собой оценку прогностической способности, рассчитанной путем перекрестной проверки, при этом наилучшая возможная прогностическая способность OPLS-DA составляет Q 2  = 1, значение Q 2  > 0.4 считается хорошим для биологических переменных 42 . В многофакторном анализе выбросы удалялись, если они оба превышали линию диапазона Хотеллинга T 2 , равную 95%, и DModX DCrit (0,05). Графики столбцов загрузки были созданы для определения X-переменных, наиболее важных для различения подмножеств. Значение переменной важности для прогноза (VIP) > 1,4 использовалось, поскольку количество родов бактерий намного превышало количество субъектов, за исключением случаев выявления родов бактерий, которые в наибольшей степени способствовали основной вариации переменных X (роды бактерий) между различными Подтипы СРК, несколько родов бактерий достигают VIP более 1.4, поэтому для этого анализа использовали VIP > 1,1. Чтобы снизить риск избыточной подгонки, были проведены 100 апостериорных тестов перестановок моделей OPLS-DA, и были исследованы только модели с индексами перестановок, удовлетворяющими критериям апостериорного анализа R 2  < 0,4 и Q 2  < 0,05. принято 43 . Диаграмма рассеяния нагрузки может быть наложена на диаграмму рассеяния баллов OPLS-DA, чтобы увидеть, какие X-переменные связаны с какими людьми. Переменные X, локализованные дальше от центра оси x, больше способствуют различению групп.Результаты представлены в виде диаграммы рассеяния баллов, диаграммы рассеяния нагрузки или диаграммы столбца нагрузки, в которой более сильными переменными с более надежным вкладом в модель являются переменные с большим столбцом и малым доверительным интервалом. Многомерные различия X-переменных OPLS-DA между пациентами и здоровыми субъектами были проверены на значимость с использованием теста Hotelling T2 в R (Пакет «Hotelling»).

    Взаимосвязь между микробиотой слизистой оболочки толстой кишки и фекалиями и симптомами, транзитом через толстую кишку и выработкой метана у женщин с хроническими запорами .Однако профили фекальной микробиоты лишь частично повторяют профили микробиоты слизистых оболочек. Неясно, вызваны ли эти различия различиями в диете или толстокишечном транзите или связаны с производством метана (измеряемым с помощью дыхательных тестов).

    Мы сравнили микробиоту слизистой оболочки толстой кишки и фекальную микробиоту у пациентов с хроническим запором и у здоровых людей, чтобы изучить взаимосвязь между микробиотой и другими параметрами.

    Методы

    Образцы микробиоты слизистой оболочки сигмовидной кишки и фекальной микробиоты были собраны у 25 здоровых женщин (контрольная группа) и 25 женщин с хроническим запором и оценены с помощью секвенирования гена рибосомной РНК 16S (в среднем 49 186 прочтений/образец).Мы оценили связь между микробиотой (общим составом и операционными таксономическими единицами) и демографическими переменными, диетой, статусом запора, транзитом по толстой кишке и выработкой метана (измеряемой в образцах дыхания после перорального приема лактулозы).

    Результаты

    У четырнадцати пациентов с хроническими запорами был замедлен транзит толстой кишки. Профиль микробиоты слизистой оболочки толстой кишки отличался между пациентами с запорами и контрольной группой ( P <0,05). Общий состав микробиоты слизистой оболочки толстой кишки был связан с запорами, независимо от транзита по толстой кишке ( P <.05), и различали пациентов с запорами и контрольную группу с точностью 94%. Роды из Bacteroidetes были более распространены в микробиоте слизистой оболочки толстой кишки пациентов с запорами. Профиль фекальной микробиоты был связан с транзитом по толстой кишке до поправки на запор, возраст, индекс массы тела и диету; роды из Firmicutes ( Faecalibacterium , Lactococcus и Roseburia ) коррелировали с более быстрым транзитом через толстую кишку.Производство метана было связано с составом фекальной микробиоты, но не с запорами или толстокишечным транзитом.

    Выводы

    После поправки на диету и толстокишечный транзит профиль микробиоты в слизистой оболочке толстой кишки может отличать пациентов с запорами от здоровых людей. Профиль фекальной микробиоты был связан с транзитом через толстую кишку и продукцией метана (измеряется в дыхании), но не с запорами.

    Фекальная и связанная со слизистой оболочкой кишечная микробиота у пациентов с синдромом раздраженного кишечника с преобладанием диареи

  • Blumberg R, Powrie F.Микробиота, болезни и возвращение к здоровью: метастабильное путешествие. Sci Transl Med . 2012;4:37rv7.

    Артикул КАС Google ученый

  • Экбург П.Б., Бик Э.М., Бернштейн К.Н. и др. Разнообразие микробной флоры кишечника человека. Наука . 2005; 308:1635–1638.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Zoetendal EG, von Wright A, Vilvpponen-Salmela T, et al.Ассоциированные со слизистой оболочкой бактерии в желудочно-кишечном тракте человека равномерно распределены по толстой кишке и отличаются от сообщества, выделенного из фекалий. Appl Environ Microbiol . 2002;68:3401–3407.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный КАС Google ученый

  • Тап Дж., Дерриен М., Торнблом Х. и др. Выявление сигнатуры кишечной микробиоты, связанной с тяжестью синдрома раздраженного кишечника. Гастроэнтерология . 2017;152:e8.

    Артикул Google ученый

  • Дурбан А., Абеллан Дж. Дж., Хименес-Эрнандес Н. и др.Структурные изменения фекальных и слизистых бактериальных сообществ при синдроме раздраженного кишечника. Environ Microbiol Rep . 2012; 4: 242–247.

    Артикул пабмед КАС Google ученый

  • Бхаттараи Ю., Мунис Педрого Д.А., Кашьяп П.С. Синдром раздраженного кишечника: расстройство, связанное с кишечной микробиотой? Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol . 2017;312:G52–G62.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Rajilic-Stojanovic M, Biagi E, Heilig HG, et al. Глобальный и глубокий молекулярный анализ признаков микробиоты в образцах фекалий пациентов с синдромом раздраженного кишечника. Гастроэнтерология . 2011; 141:1792–1801.

    Артикул пабмед КАС Google ученый

  • Кассинен А., Крогиус-Курикка Л., Макивуокко Х. и др.Фекальная микробиота больных синдромом раздраженного кишечника значительно отличается от таковой у здоровых людей. Гастроэнтерология . 2007; 133:24–33.

    Артикул пабмед КАС Google ученый

  • Шукла Р., Гошал У., Дхоле Т.Н. и др. Фекальная микробиота у пациентов с синдромом раздраженного кишечника по сравнению со здоровым контролем с использованием полимеразной цепной реакции в реальном времени: свидетельство дисбактериоза. Научные раскопки .2015;60:2953–2962.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Ringel-Kulka T, Benson AK, Carroll IM, et al.Молекулярная характеристика кишечной микробиоты у пациентов со вздутием живота и без него. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol . 2016; 310:G417–G426.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Кэрролл И.М., Чанг Ю.Х., Парк Дж. и др. Люминальная и ассоциированная со слизистой оболочками кишечная микробиота у пациентов с синдромом раздраженного кишечника с преобладанием диареи. Гат Патог . 2010;2:19.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Preheim SP, Perrotta AR, Friedman J, et al. Вычислительные методы высокопроизводительного сравнительного анализа природных микробных сообществ. Методы Enzymol . 2013; 531:353–370.

    Артикул пабмед КАС Google ученый

  • Артур Дж. К., Гарайбех Р. З., Уронис Дж. М. и др. Пробиотик VSL#3 изменяет микробный состав слизистой оболочки, но не уменьшает колоректальный рак, связанный с колитом. Научный представитель . 2013;3:2868.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • McDonald D, Price MN, Goodrich J, et al. Улучшенная таксономия Greengenes с явными рангами для экологического и эволюционного анализа бактерий и архей. ИСМЭ J . 2012; 6: 610–618.

    Артикул пабмед КАС Google ученый

  • Лозупоне С., Найт Р.UniFrac: новый филогенетический метод сравнения микробных сообществ. Appl Environ Microbiol . 2005; 71:8228–8235.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный КАС Google ученый

  • Кэрролл И.М., Рингел-Кулка Т., Сиддл Дж.П. и др. Характеристика фекальной микробиоты с использованием высокопроизводительного секвенирования выявляет стабильное микробное сообщество во время хранения. ПЛОС ОДИН . 2012;7:e46953.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный КАС Google ученый

  • Lozupone C, Lladser ME, Knights D, et al.UniFrac: эффективная метрика расстояния для сравнения микробного сообщества. ИСМЭ J . 2011;5:169–172.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Сегата Н., Изард Дж., Уолдрон Л. и др. Открытие и объяснение метагеномных биомаркеров. Геном Биол . 2011;12:R60.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Langille MG, Zaneveld J, Caporaso JG, et al.Прогностическое функциональное профилирование микробных сообществ с использованием последовательностей маркерных генов 16S рРНК. Нат Биотехнолог . 2013; 31:814–821.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный КАС Google ученый

  • Кардинг С, Вербеке К, Випонд ДТ и др. Дисбактериоз микробиоты кишечника при заболеваниях. Microb Ecol Health Dis . 2015;26:26191.

    ПабМед Google ученый

  • Hong SN, Rhee PL.Раскрытие связей между синдромом раздраженного кишечника и кишечной микробиотой. World J Гастроэнтерол . 2014;20:2470–2481.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Кэрролл И.М., Рингел-Кулка Т., Кеку Т.О. и др. Молекулярный анализ кишечной микробиоты, ассоциированной с просветом и слизистой оболочкой, при синдроме раздраженного кишечника с преобладанием диареи. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol .2011; 301:G799–G807.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный КАС Google ученый

  • Рангель И., Сундин Дж., Фуэнтес С. и др. Взаимосвязь между фекально-ассоциированной и слизисто-ассоциированной микробиотой у пациентов с синдромом раздраженного кишечника и здоровых людей. Алимент Фармакол Тер . 2015;42:1211–1221.

    Артикул пабмед КАС Google ученый

  • Manichanh C, Rigottier-Gois L, Bonnaud E, et al.Снижение разнообразия фекальной микробиоты при болезни Крона, выявленное с помощью метагеномного подхода. Кишка . 2006; 55: 205–211.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный КАС Google ученый

  • Ход К., Дикман Р., Спербер А. и др. Оценка высокочувствительного СРБ как маркера микровоспаления при синдроме раздраженного кишечника. Нейрогастроэнтерол Мотил . 2011;23:1105–1110.

    Артикул пабмед КАС Google ученый

  • Ход К., Рингель-Кулка Т., Мартин С.Ф. и др.Высокочувствительный С-реактивный белок как маркер воспаления при синдроме раздраженного кишечника. Дж Клин Гастроэнтерол . 2016;50:227–232.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный КАС Google ученый

  • Zhang Z, Geng J, Tang X и др. Пространственная неоднородность и модели совместного появления кишечной микробиоты, связанной со слизистой оболочкой человека. ИСМЭ J . 2014; 8: 881–893.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Saulnier DM, Riehle K, Mistretta TA, et al.Сигнатуры микробиома желудочно-кишечного тракта у детей с синдромом раздраженного кишечника. Гастроэнтерология . 2011; 141:1782–1791.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный КАС Google ученый

  • Леклерк С., Матаморос С., Кани П.Д. и др. Кишечная проницаемость, кишечно-бактериальный дисбактериоз и поведенческие маркеры тяжести алкогольной зависимости. Proc Natl Acad Sci USA . 2014;111:E4485–E4493.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный КАС Google ученый

  • Джеффри И.Б., О’Тул П.В., Оман Л. и др.Подтип синдрома раздраженного кишечника, определяемый видоспецифичными изменениями фекальной микробиоты. Кишка . 2012;61:997–1006.

    Артикул пабмед Google ученый

  • Тана С., Умесаки Ю., Имаока А. и др. Измененные профили кишечной микробиоты и органических кислот могут быть причиной симптомов синдрома раздраженного кишечника. Нейрогастроэнтерол Мотил . 2010;22:e114–e115.

    Google ученый

  • Kabeerdoss J, Jayakanthan P, Pugazhendhi S, et al.Изменения микробиоты слизистой оболочки толстой кишки у пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника, выявленные методом полимеразной цепной реакции с амплификации 16S рибосомальной рибонуклеиновой кислоты в режиме реального времени. Indian J Med Res . 2015; 142:23–32.

    ПабМед ПабМед Центральный КАС Google ученый

  • Мартин Р., Микель С., Чейн Ф. и др. Faecalibacterium prausnitzii предотвращает физиологические повреждения в мышиной модели хронического слабовыраженного воспаления. ВМС Микробиол . 2015;15:67.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Quevrain E, Maubert MA, Michon C, et al. Идентификация противовоспалительного белка из Faecalibacterium prausnitzii , комменсальной бактерии, дефицитной при болезни Крона. Кишка . 2016;65:415–425.

    Артикул пабмед КАС Google ученый

  • Котловски Р., Бернштейн К.Н., Сепехри С. и др.Высокая распространенность Escherichia coli , принадлежащих к филогенетической группе B2 + D, при воспалительных заболеваниях кишечника. Кишка . 2007; 56: 669–675.

    Артикул пабмед КАС Google ученый

  • Спиллер RC. Воспаление как основа функциональных расстройств ЖКТ. Best Pract Res Clin Gastroenterol . 2004; 18: 641–661.

    Артикул пабмед КАС Google ученый

  • Посуэло М., Панда С., Сантьяго А. и др.Снижение содержания бутират- и метанпродуцирующих микроорганизмов у пациентов с синдромом раздраженного кишечника. Научный представитель . 2015;5:12693.

    Артикул пабмед ПабМед Центральный КАС Google ученый

  • Доказательства изменения состава слизистой и фекальной микробиоты у пациентов с синдромом раздраженного кишечника

    Авторы/создатели:
    • Сундин, Дж.
    • Азиз, И.
    • Nordlander, S.
    • Polster, A.
    • Hu, Y.O.O.
    • Хьюгерт, Л.В.
    • Пеннхаг, А.А.Л.
    • Engstrand, L.
    • Törnblom, H.
    • Simrén, M.
    • Öhman, L.
    Авторские права, издатель и дополнительная информация: © The Author(s) 2020. Открытый доступ: эта статья находится под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 International License, которая разрешает использование, совместное использование, адаптацию, распространение и воспроизведение на любом носителе или в любом формате, при условии, что вы укажете соответствующую ссылку на первоначальный автор(ы) и источник, предоставьте ссылку на лицензию Creative Commons и укажите, были ли внесены изменения. Изображения или другие сторонние материалы в этой статье включены в лицензию Creative Commons для статьи, если иное не указано в кредитной строке материала. Если материал не включен в лицензию Creative Commons статьи, а ваше предполагаемое использование не разрешено законом или превышает разрешенное использование, вам необходимо получить разрешение непосредственно от правообладателя. Чтобы просмотреть копию этой лицензии, посетите http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.
    Даты:
    • Принято: 30 декабря 2019 г.
    • Опубликовано (в сети): 17 января 2020 г.
    • Опубликовано: 17 января 2020 г.
    Учреждение: Университет Шеффилда
    Академические единицы: Университет Шеффилда > Факультет медицины, стоматологии и здравоохранения (Шеффилд)
    Вносящий пользователь: Симплектический Шеффилд
    Дата депонирования: 09 мар 2020 17:02
    Последнее изменение: 09 мар 2020 17:10
    Статус: Опубликовано
    Издатель: Исследования природы
    Рефери: Да
    Идентификационный номер: https://doi. орг/10.1038/s41598-020-57468-у
    Связанные URL:

    Микробы материнского молока и фекальные микробы определяют пространственно-временное развитие связанной со слизистой оболочкой микробиоты и барьерной функции в кишечнике новорождённых свиней | BMC Biology

  • Bellmann S, Carlander D, Fasano A, Momcilovic D, Scimeca JA, Waldman WJ, et al. Параметры желудочно-кишечного тракта млекопитающих, модулирующие целостность, поверхностные свойства и абсорбцию пищевых наноматериалов.Wiley Interdiscip Rev Nanomed Nanobiotechnol. 2015;7:609–22.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Оман Л., Торнблом Х., Симрен М. Перекрестные помехи на границе слизистой оболочки: важность микроокружения кишечника при СРК. Нат Рев Гастроэнтерол Гепатол. 2015;12:36–49.

    ПабМед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Эль Айди С., ван Баарлен П., Дерриен М., Линденберг-Корлеве Д.Дж., Хуивельд Г., Левенес Ф. и др. Временное и пространственное взаимодействие микробиоты и слизистой оболочки кишечника способствует установлению иммунного гомеостаза у обычных мышей. Иммунол слизистых оболочек. 2012. https://doi.org/10.1038/ми.2012.32.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Генсоллен Т., Айер С.С., Каспер Д.Л., Блумберг Р.С. Как колонизация микробиотой в раннем возрасте формирует иммунную систему. Наука. 2016. https://doi.org/10.1126/science.aad9378.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Olszak T, An D, Zeissig S, Vera MP, Richter J, Franke A, et al. Воздействие микробов в раннем возрасте оказывает стойкое влияние на функцию Т-клеток естественных киллеров. Наука. 2012; 336: 489–93.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Субраманиан С., Хук С., Яцуненко Т., Хак Р., Махфуз М., Алам М.А. и др.Стойкая незрелость микробиоты кишечника у детей Бангладеш, страдающих от недоедания. Природа. 2014. https://doi.org/10.1038/nature13421.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Костич А. Д., Геверс Д., Сильяндер Х., Ватанен Т., Хётюляйнен Т., Хямяляйнен А. и др. Динамика микробиома кишечника младенцев человека в развитии и прогрессировании диабета 1 типа. Клеточный микроб-хозяин. 2015;17:260–73.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Arrieta MC, Stiemsma LT, Dimitriu PA, Thorson L, Russell S, Yurist-Doutsch S, et al.Микробные и метаболические изменения в раннем младенчестве влияют на риск развития астмы у детей. Sci Transl Med. 2015;7:152р–307р.

    Артикул КАС Google ученый

  • Айслев Т.А., Андерсен К.С., Гамборг М., Соренсен Т.И., Джесс Т. Избыточный вес в детстве после установления микробиоты кишечника: роль способа родоразрешения, веса до беременности и раннего введения антибиотиков. Int J Obes (Лондон). 2011;35:522–9.

    КАС Статья Google ученый

  • Nestle FO, Kaplan DH, Barker J. Псориаз. N Engl J Med. 2009; 361: 496–509.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Lim ES, Zhou Y, Zhao G, Bauer IK, Droit L, Ndao IM, et al.Динамика вирома кишечника человека и бактериального микробиома у младенцев в раннем возрасте. Нат Мед. 2015;21:1228–34.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Домингес-Белло М.Г., Де Хесус-Лабой К.М., Шен Н., Кокс Л.М., Амир А., Гонсалес А. и др. Частичное восстановление микробиоты детей, рожденных путем кесарева сечения, путем вагинального микробного переноса. Нат Мед. 2016;22:250–3.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Renz H, Brandtzaeg P, Hornef M.Влияние перинатального иммунного развития на гомеостаз слизистой оболочки и хроническое воспаление. Нат Рев Иммунол. 2011. https://doi.org/10.1038/nri3112.

    ПабМед Статья КАС ПабМед Центральный Google ученый

  • Иванов И.И., Атараши К., Манель Н., Броди Э.Л., Шима Т., Караоз У. и др. Индукция кишечных клеток Th27 сегментированными нитчатыми бактериями. Клетка. 2009; 139: 485–98.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Goto Y, Panea C, Nakato G, Cebula A, Lee C, Diez MG, et al. Антигены сегментированных нитчатых бактерий, представленные дендритными клетками кишечника, стимулируют дифференцировку клеток Th27 слизистой оболочки. Иммунитет. 2014;40:594–607.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Атараши К., Таноуэ Т., Андо М., Камада Н., Нагано Ю., Нарушима С. и др. Индукция клеток Th27 путем адгезии микробов к эпителиальным клеткам кишечника. Клетка. 2015; 163:367–80.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Зотендаль Э.Г., фон Райт А., Вилппонен-Салмела Т., Бен-Амор К., Аккерманс А.Д., де Вос В.М.Ассоциированные со слизистой оболочкой бактерии в желудочно-кишечном тракте человека равномерно распределены по толстой кишке и отличаются от сообщества, выделенного из фекалий. Appl Environ Microbiol. 2002;68:3401–7.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Экбург П.Б., Бик Э.М., Бернштейн К.Н., Пурдом Э., Детлефсен Л., Сарджент М., Гилл С.Р. и др. Разнообразие микробной флоры кишечника человека. Наука. 2005; 308:1635–8.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Yasuda K, Oh K, Ren B, Tickle TL, Franzosa EA, Wachtman LM, et al.Биогеография микробиома слизистой оболочки кишечника и просвета у макак-резусов. Клеточный микроб-хозяин. 2015;17:385–91.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Earle KA, Billings G, Sigal M, Lichtman JS, Hansson GC, Elias JE, et al. Количественная визуализация пространственной организации кишечной микробиоты. Клеточный микроб-хозяин. 2015;18:478–88.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Меренс Ф., Саммерфилд А., Наувинк Х., Саиф Л., Гердтс В.Свинья: модель инфекционных заболеваний человека. Тенденции микробиол. 2012;20:50–7.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Guilloteau P, Zabielski R, Hammon HM, Metges CC. Пищевое программирование развития желудочно-кишечного тракта. Является ли свинья хорошей моделью для человека? Nutr Res Rev. 2010; 23:4–22.

    ПабМед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Хайнриц С.Н., Мосентин Р., Вайс Э.Использование свиней в качестве потенциальной модели для исследования диетической модуляции микробиоты кишечника человека. Nutr Res Rev. 2013; 26: 191–209.

    ПабМед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Buddington RK, Sangild PT, Hance B, Huang EY, Black DD. Пренатальное развитие желудочно-кишечного тракта у свиней и реакции после преждевременных родов. J Anim Sci. 2012; 90 (Приложение 4): 290–8.

    ПабМед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Calder PC, Krauss-Etschmann S, de Jong EC, Dupont C, Frick JS, Frokiaer H, et al.Раннее питание и иммунитет — прогресс и перспективы. Бр Дж Нутр. 2006; 96: 774–90.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Xiao L, Estellé J, Kiilerich P, Ramayo-Caldas Y, Xia Z, Feng Q, et al. Справочный каталог генов микробиома кишечника свиньи. Нат микробиол. 2016;1:16161.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Бокулич Н.А., Чанг Дж., Батталья Т., Хендерсон Н., Джей М., Ли Х и др. Антибиотики, способ родов и диета определяют созревание микробиома в раннем возрасте. Sci Transl Med. 2016;8:343р–82р.

    Артикул КАС Google ученый

  • Домингес-Белло М.Г., Костелло Э.К., Контрерас М., Магрис М., Идальго Г., Фиерер Н. и др.Способ родоразрешения определяет приобретение и структуру исходной микробиоты в различных средах обитания новорожденных. Proc Natl Acad Sci. 2010;107:11971–5.

    ПабМед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Schulfer A, Blaser MJ.Риски воздействия антибиотиков в раннем возрасте на развивающийся микробиом. Плос Патог. 2015;11:e1004903.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Шварц С., Чапкин Р.С., Фридберг И., Иванов И.В., Дэвидсон Л.А., Голдсби Дж.С. и др. Метагеномное исследование диетозависимого взаимодействия между кишечной микробиотой и хозяином у младенцев выявило различия в иммунном ответе. Геном биол. 2012;13:r32.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Паннарадж П.С., Ли Ф., Серини С., Бендер Дж.М., Ян С., Ролли А. и др. Связь между бактериальными сообществами грудного молока и формированием и развитием микробиома кишечника младенцев. Джама Педиатр. 2017; 171: 647–54.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Шин Х., Пей З., Мартинес К.А., Ривера-Винас Д.И., Мендес К., Каваллин Х. и др.Первая микробная среда детей, рожденных путем кесарева сечения: микробы операционной. Микробиом. 2015. https://doi.org/10.1186/s40168-015-0126-1.

  • Брукс Б., Олм М. Р., Фирек Б. А., Бейкер Р., Томас Б. С., Моровиц М. Дж. и др. Анализ с разрешением деформации больничных палат и младенцев выявляет совпадение микробиома человека и помещения. Нац коммун. 2017 г. https://doi.org/10.1038/s41467-017-02018-w.

  • Koenig JE, Spor A, Scalfone N, Fricker AD, Stombaugh J, Knight R, et al.Последовательность микробных консорциумов в развивающемся кишечном микробиоме младенцев. Proc Natl Acad Sci. 2011; 108:4578–85.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Бекхед Ф., Росвалл Дж., Пэн Ю., Фенг К., Цзя Х., Ковачева-Дачари П. и др. Динамика и стабилизация микробиома кишечника человека на первом году жизни. Клеточный микроб-хозяин. 2015;17:690–703.

    ПабМед Статья КАС ПабМед Центральный Google ученый

  • Langille MGI, Zaneveld J, Caporaso JG, McDonald D, Knights D, Reyes JA, et al. Прогностическое функциональное профилирование микробных сообществ с использованием последовательностей маркерных генов 16S рРНК. Нац биотехнолог. 2013; 31:814–21.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Knights D, Kuczynski J, Charlson ES, Zaneveld J, Mozer MC, Collman RG, et al. Байесовское отслеживание микробных источников в масштабах всего сообщества, независимое от культуры. Нат Методы. 2011; 8: 761–3.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Гудрич Дж.К., Уотерс Дж.Л., Пул А.С., Саттер Дж.Л., Корен О., Блехман Р. и др.Генетика человека формирует микробиом кишечника. Клетка. 2014; 159:789–99.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Чжоу В., Чоу К., Флеминг Э. , О. Дж. Способность к селективной колонизации фекальных микробов человека в различных средах кишечника мыши. ISME J. 2018. https://doi.org/10.1038/s41396-018-0312-9.

    ПабМед Статья КАС ПабМед Центральный Google ученый

  • Марк Уэлч Д.Л., Хасегава Ю., Макналти Н.П., Гордон Д.И., Борисий Г.Г.Пространственная организация модельной микробиоты кишечника человека из 15 человек, созданная у гнотобиотических мышей. Proc Natl Acad Sci. 2017;114:E9105–14.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Sang Y, Blecha F. Защитные пептиды свиней-хозяев: расширение репертуара и функций. Dev Сравнительный иммунол. 2009; 33: 334–43.

    КАС Статья Google ученый

  • Вайшнава С., Ямамото М., Северсон К.М., Рун К.А., Ю Х. , Корен О. и др.Антибактериальный лектин RegIIIgamma способствует пространственному разделению микробиоты и хозяина в кишечнике. Наука. 2011; 334: 255–8.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Йоханссон М.Э., Ханссон Г.К. Иммунологические аспекты кишечной слизи и муцинов. Нат Рев Иммунол. 2016;16:639–49.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Gribar SC, Sodhi CP, Richardson WM, Anand RJ, Gittes GK, Branca MF, et al.Реципрокная экспрессия и передача сигналов TLR4 и TLR9 в патогенезе и лечении некротизирующего энтероколита. Дж Иммунол. 2009; 182: 636–46.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Зеланте Т., Яннитти Р.Г., Кунья С., Де Лука А., Джованнини Г. , Пьерачини Г. и др. Катаболиты триптофана из микробиоты взаимодействуют с арильными углеводородными рецепторами и уравновешивают реактивность слизистой оболочки через интерлейкин-22. Иммунитет.2013; 39: 372–85.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Are A, Aronsson L, Wang S, Greicius G, Lee YK, Gustafsson JA, et al. Enterococcus faecalis новорожденных регулируют эндогенную активность PPARgamma и уровни IL-10 в эпителиальных клетках толстой кишки. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008; 105:1943–8.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Mowat AM, Agace WW.Региональная специализация иммунной системы кишечника. Нат Рев Иммунол. 2014; 14:667–85.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Чу Д.М., Ма Дж., Принц А.Л., Энтони К.М., Сеферович М.Д., Аагард К.М. Созревание структуры и функции микробиома младенцев на разных участках тела и в зависимости от способа родоразрешения. Нат Мед. 2017;23:314–26.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Яссур М., Ватанен Т., Сильяндер Х., Хамалайнен А.М., Харконен Т., Риханен С.Дж. и др. Естественная история микробиома кишечника младенцев и влияние лечения антибиотиками на разнообразие и стабильность бактериальных штаммов.Sci Transl Med. 2016;8:343р–81р.

    Артикул КАС Google ученый

  • Альбенберг Л., Есипова Т.В., судья С.П., Биттингер К., Чен Дж., Лафлин А. и др.Корреляция между внутрипросветным градиентом кислорода и радиальным разделением кишечной микробиоты. Гастроэнтерология. 2014; 147:1055–63.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Hansen R, Scott KP, Khan S, Martin JC, Berry SH, Stevenson M, et al. Образцы мекония при первом прохождении от здоровых доношенных новорожденных, рожденных естественным путем: анализ микробиоты. Плос Один. 2015;10:e133320.

    Google ученый

  • Аагард К., Ма Дж., Энтони К.М., Гану Р., Петросино Дж., Версалович Дж. Плацента содержит уникальный микробиом. Sci Transl Med. 2014;6:237р–65р.

    Google ученый

  • Кольядо М.С., Раутава С., Аакко Дж., Изолаури Э., Салминен С.Колонизация кишечника человека может быть инициирована внутриутробно различными микробными сообществами в плаценте и амниотической жидкости. Научный представитель Великобритании. 2016;6:23129.

    КАС Статья Google ученый

  • Ardissone AN, de la Cruz DM, Davis-Richardson AG, Rechcigl KT, Li N, Drew JC, et al. Анализ микробиома мекония выявляет бактерии, связанные с преждевременными родами. Плос Один. 2014;9:e

    .

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Хименес Э., Марин М.Л., Мартин Р., Одриосола Дж.М., Оливарес М., Ксаус Дж. и др.Действительно ли меконий здоровых новорожденных стерилен? Рез микробиол. 2008; 159:187–93.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Ардешир А., Нараян Н.Р., Мендес-Лагарес Г., Лу Д., Раух М., Хуан И и др. У детенышей макак-резусов, находящихся на грудном и искусственном вскармливании, развивается различная кишечная микробиота и иммунная система. Sci Transl Med. 2014;6:120р–252р.

    Артикул КАС Google ученый

  • Ferretti P, Pasolli E, Tett A, Asnicar F, Gorfer V, Fedi S, et al. Передача микробов от матери к ребенку из разных участков тела формирует развивающийся микробиом кишечника младенца. Клеточный микроб-хозяин. 2018;24:133–45.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Пантоха-Фелисиано И.Г., Клементе Х.К., Костелло Э.К., Перес М.Е., Блазер М.Дж., Найт Р. и др. Двухфазная сборка микробиоты кишечника мышей на раннем этапе развития. ISME J. 2013;7:1112–5.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Пачеко А.Р., Бариле Д., Андервуд М.А., Миллс Д.А.Влияние гликобиома молока на микробиоту кишечника новорожденных. Annu Rev Anim Biosci. 2015;3:419–45.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Chung H, Pamp S, Hill J, Surana N, Edelman S. Созревание иммунной системы кишечника зависит от колонизации микробиотой, специфичной для хозяина. Клетка. 2012. https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.04.037.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Cash HL, Whitham CV, Behrendt CL, Hooper LV.Симбиотические бактерии непосредственно экспрессируют кишечный бактерицидный лектин. Наука. 2006; 313:1126–30.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Вайшнава С., Берендт К.Л., Исмаил А.С., Экманн Л., Хупер Л.В. Клетки Панета непосредственно воспринимают кишечные комменсалы и поддерживают гомеостаз на границе кишечного хозяина и микробов. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008;105:20858–63.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Спрокетт Д., Фуками Т., Релман Д.А.Роль приоритетных эффектов в ранней сборке кишечной микробиоты. Нат Рев Гастро Гепат. 2018;15:197–205.

    Артикул Google ученый

  • Соммер Ф., Ноокаев И., Соммер Н., Фогельстранд П., Бэкхед Ф. Сайт-специфическое программирование эпителиального транскриптома хозяина кишечной микробиотой. Геном биол. 2015. https://doi.org/10.1186/s13059-015-0614-4.

  • Лихтман Дж.С., Альсенцер Э., Джаффе М., Спрокетт Д., Масутани Э., Иква Э. и др.Влияние микробной колонизации на протеом хозяина зависит от расположения в желудочно-кишечном тракте. Исме Дж. 2016; 10:1170–81.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Diaz-Ropero MP, Martin R, Sierra S, Lara-Villoslada F, Rodriguez JM, Xaus J, et al. Два штамма Lactobacillus, выделенные из грудного молока, по-разному модулируют иммунный ответ. J Appl Microbiol. 2007; 102: 337–43.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Блустейн Дж., Аттина Т., Лю М., Райан А.М., Кокс Л.М., Блазер М.Дж. и др. Ассоциация кесарева сечения с ожирением у детей в возрасте от 6 недель до 15 лет. Int J Obes (Лондон). 2013;37:900–6.

    КАС ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Альмквист С., Кнаттингиус С., Лихтенштейн П., Лундхольм С.Влияние способа родов при рождении на детскую астму и аллергические заболевания — исследование братьев и сестер. Клин Эксперт Аллергия. 2012; 42:1369–76.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Мартин Р.М., Крамер М.С., Патель Р., Рифас-Шиман С.Л., Томпсон Дж., Ян С. и др.Влияние пропаганды длительного исключительно грудного вскармливания на ожирение подростков, кровяное давление и траектории роста: вторичный анализ рандомизированного клинического исследования. Джама Педиатр. 2017;171:e170698.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Виктора К.Г., Бахл Р., Баррос А.Дж., Франка Г.В., Хортон С., Красевец Дж. и др. Грудное вскармливание в 21 веке: эпидемиология, механизмы и пожизненный эффект. Ланцет.2016; 387: 475–90.

    ПабМед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Looft T, Allen HK, Cantarel BL, Levine UY, Bayles DO, Alt DP и др. Бактерии, фаги и свиньи: влияние кормовых антибиотиков на микробиом в разных местах кишечника. Исме Дж. 2014; 8: 1566–76.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Берендт Л., Ларкум А.В., Трампе Э., Норман А., Соренсен С.Дж., Куль М.Микробное разнообразие сообществ биопленок в микронишах, ассоциированных с дидемнидным асцидием Lissoclinum patella. Исме Дж. 2012; 6: 1222–37.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Quast C, Pruesse E, Yilmaz P, Gerken J, Schweer T, Yarza P, et al. Проект базы данных генов рибосомной РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты. Нуклеиновые Кислоты Res. 2013;41:D590–6.

    КАС Статья Google ученый

  • Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, Costello EK, et al.QIIME позволяет анализировать данные секвенирования с высокой пропускной способностью. Нат Методы. 2010;7:335–6.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Цена МН, Дехал П.С., Аркин А.П. FastTree 2 — приблизительно деревья максимального правдоподобия для больших выравниваний. Плос Один. 2010;5:e9490.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Лозупоне С., Лладсер М.Е., Найтс Д., Стомбах Дж., Найт Р.UniFrac: эффективная метрика расстояния для сравнения микробного сообщества. Исме Дж. 2011; 5: 169–72.

    ПабМед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Ливак К.Дж., Шмитген Т.Д.Анализ данных об относительной экспрессии генов с использованием количественной ПЦР в реальном времени и метода 2-ΔΔCT. Методы. 2001; 25: 402–8.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Паркс Д.Х., Тайсон Г.В., Хугенхольц П., Бейко Р.Г. STAMP: статистический анализ таксономических и функциональных профилей. Биоинформатика. 2014;30:3123–4.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Grönlund MM, Gueimonde M, Laitinen K, Kociubinski G, Grönroos T, Salminen S, et al. Материнское грудное молоко и кишечные бифидобактерии определяют композиционное развитие микробиоты Bifidobacterium у младенцев с риском аллергических заболеваний. Клин Экспер Аллергия. 2007; 37: 1764–72.

    Артикул Google ученый

  • Стаматакис А. RAxML-VI-HPC: филогенетический анализ на основе максимального правдоподобия с использованием тысяч таксонов и смешанных моделей. Биоинформатика. 2006; 22: 2688–90.

    КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google ученый

  • Флемер Б., Линч Д.Б., Браун Дж.М.Р., Джеффри И.Б., Райан Ф.Дж., Клаессон М.Дж. и др.Связанная с опухолью и не связанная с опухолью микробиота при колоректальном раке. Кишка. 2016: 2015–309595.

  • Хуанг Й, Ма С.Ф., Эспиндола М.С., Видж Р., Олдхэм Дж.М., Хаффнэгл Г.Б. и др. Микробы связаны с врожденным иммунным ответом хозяина при идиопатическом легочном фиброзе. Am J Respir Crit Care Med. 2017;196:208–19.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Kurtz ZD, Müller CL, Miraldi ER, Littman DR, Blaser MJ, Bonneau RA.Разреженный и композиционно надежный вывод о микробных экологических сетях. Плос Comput Biol. 2015;11:e1004226.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

  • Bastian M, Heymann S, Jacomy M. Gephi: программное обеспечение с открытым исходным кодом для исследования сетей и управления ими. Международная конференция AAAI в Интернете и социальных сетях. 2014; https://www.aaai.org/ocs/index.php/ICWSM/09/paper/view/154.

  • Лю Х., Цзэн С., Чжан Г., Хоу С., Ли Н., Ю. Х., Шан Л., Чжан С., Паоло Т., Ян Ф., Лю З., Цяо С., Биль Л.М., Фогель В., Дорфель Д., Хампрехт А, Зайферт Х, Аутенриет И.Б., Питер С.

    Кал в слизистой пленке: Ваш браузер устарел
  • Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.